El síndrome de malabsorción puede ser causado por una gran cantidad de fenómenos: enfermedades infecciosas, el VIH, la inflamación del páncreas, la consumición de ciertos medicamentos, infestaciones parasitarias, intolerancias y lesiones en el tubo digestivo.
Este síndrome es especialmente peligroso en niños, ya que provoca retrasos en el crecimiento e impide el desarrollo normal. En adultos también puede aparecer el retraso en el crecimiento, pero es más común, la perdida de peso, perdida de masa muscular, debilidad, e incluso problemas para pensar. También puede provocar cambios en las heces, como: heces voluminosas, grasosas (esteatorrea), diarrea crónica, distensión de la pared intestinal, cólicos y gases.
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